O Naea conta com um programa de pós-graduação Lato Sensu (PPLS) com o objetivo de oferecer cursos nas diversas áreas e temas abordados no Núcleo. O curso de Formação de "Especialistas em Desenvolvimento de Áreas Amazônicas" (FIPAM), é oferecido regularmente e em cada edição aborda em suas áreas de concentração, temas diferenciados, de acordo com as demandas e com os problemas que estão sendo debatidos pela sociedade em geral. O Programa de Especialização teve início em 1973, como o primeiro curso regular de pós-graduação do Naea. Pensado inicialmente enquanto provedor dos instrumentos técnicos tradicionais para o planejamento do desenvolvimento econômico regional, o FIPAM passou a incorporar novos temas e objetivos, e questões como multidisciplinaridade, planejamento participativo e meio ambiente agregaram-se ao seu escopo geral.